MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Rickettsia typhi str. TH1527 chromosome

Total Repeats: 8027

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017066	ATT	2	6	834	839	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017066	TATT	2	8	869	876	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017066	A	6	6	895	900	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017066	AAT	2	6	904	909	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017066	ACA	2	6	918	923	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_017066	CTT	2	6	937	942	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_017066	CAAA	2	8	963	970	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
8	NC_017066	ATTT	2	8	1303	1310	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017066	ATT	2	6	5944	5949	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017066	TA	3	6	5952	5957	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017066	AAC	2	6	5971	5976	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_017066	TTTA	2	8	5979	5986	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017066	TAAA	2	8	5998	6005	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017066	TTA	2	6	7283	7288	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017066	ATT	2	6	7333	7338	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017066	AT	3	6	7353	7358	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017066	TAAC	2	8	8478	8485	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
18	NC_017066	TA	3	6	8503	8508	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017066	TAT	2	6	8520	8525	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017066	A	7	7	8598	8604	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017066	TAA	2	6	8608	8613	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017066	GAA	2	6	8655	8660	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_017066	TAA	2	6	8663	8668	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017066	TG	3	6	8680	8685	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017066	TTTA	2	8	8725	8732	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017066	T	6	6	8753	8758	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017066	CTTTAA	2	12	8785	8796	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_017066	TAA	2	6	8799	8804	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017066	A	6	6	8809	8814	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017066	TAAT	2	8	8830	8837	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017066	TGG	2	6	8851	8856	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017066	TA	3	6	8928	8933	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017066	ATTTA	2	10	8936	8945	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017066	TA	4	8	8983	8990	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017066	GCTC	2	8	8992	8999	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_017066	AAG	2	6	9019	9024	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017066	TGAG	2	8	9029	9036	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017066	AAT	2	6	9042	9047	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017066	CAT	2	6	9099	9104	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_017066	ATA	2	6	9270	9275	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017066	T	6	6	9276	9281	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017066	TTTTAT	2	12	10292	10303	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017066	TACAT	2	10	13912	13921	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_017066	T	7	7	13924	13930	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_017066	A	7	7	13962	13968	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_017066	TTA	2	6	13972	13977	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017066	TTA	2	6	13982	13987	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017066	TC	3	6	13991	13996	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
49	NC_017066	TTA	2	6	14031	14036	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017066	TCTG	2	8	14041	14048	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_017066	AT	3	6	14063	14068	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017066	ATT	2	6	14089	14094	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017066	TTTA	2	8	14115	14122	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017066	TCTT	2	8	14123	14130	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_017066	ATT	2	6	14254	14259	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017066	T	6	6	14258	14263	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017066	A	6	6	14267	14272	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_017066	ATTA	2	8	14361	14368	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017066	AAG	2	6	14381	14386	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_017066	AAT	2	6	14391	14396	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_017066	AAAGT	2	10	14397	14406	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_017066	ATT	2	6	14407	14412	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017066	AAAG	2	8	14443	14450	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017066	A	6	6	14490	14495	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_017066	TCA	2	6	14540	14545	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_017066	AT	3	6	14556	14561	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017066	ATT	2	6	14580	14585	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017066	AT	3	6	14597	14602	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017066	TTAT	2	8	14617	14624	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017066	AGTC	2	8	18113	18120	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_017066	AT	3	6	18140	18145	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017066	ACC	2	6	18189	18194	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
73	NC_017066	AAG	2	6	18326	18331	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017066	TAA	2	6	18351	18356	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017066	ATTTA	2	10	18372	18381	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017066	T	6	6	18396	18401	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017066	ATT	2	6	18463	18468	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017066	TGC	2	6	18475	18480	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_017066	A	6	6	18521	18526	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017066	TAT	2	6	18541	18546	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017066	ATA	2	6	18548	18553	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017066	ATG	2	6	18605	18610	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017066	AAGA	2	8	18631	18638	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017066	TA	4	8	18652	18659	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017066	ACA	2	6	18677	18682	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_017066	A	6	6	18704	18709	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017066	AGTA	2	8	18727	18734	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
88	NC_017066	ATAG	2	8	18753	18760	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017066	AAT	2	6	18769	18774	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017066	T	7	7	18781	18787	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017066	TAT	2	6	18905	18910	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017066	AGT	2	6	18926	18931	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017066	A	6	6	18946	18951	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_017066	TTAAT	2	10	19001	19010	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017066	ATT	2	6	19023	19028	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017066	CTTA	2	8	19036	19043	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
97	NC_017066	TCT	2	6	19186	19191	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_017066	CAA	2	6	19226	19231	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_017066	AT	3	6	19235	19240	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017066	TAA	2	6	19243	19248	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_017066	TAA	2	6	19250	19255	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017066	AAT	3	9	19299	19307	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017066	TTC	2	6	19326	19331	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_017066	TTA	2	6	19364	19369	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017066	ATA	2	6	19406	19411	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017066	AGT	2	6	19432	19437	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017066	ATA	2	6	19440	19445	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_017066	ATA	2	6	19478	19483	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017066	TTA	2	6	19558	19563	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017066	AGT	2	6	19571	19576	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017066	TGT	2	6	19596	19601	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017066	TA	4	8	20110	20117	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017066	T	6	6	22527	22532	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017066	ATT	2	6	22535	22540	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017066	AAT	2	6	22589	22594	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017066	AT	3	6	22633	22638	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017066	TA	3	6	22662	22667	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_017066	TAT	2	6	25107	25112	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017066	T	7	7	25138	25144	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_017066	TTA	2	6	25388	25393	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017066	ATT	2	6	25501	25506	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017066	TAAT	2	8	26687	26694	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017066	AATTA	2	10	26708	26717	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017066	TATT	2	8	26738	26745	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017066	CTA	2	6	26853	26858	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_017066	TGC	2	6	26877	26882	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_017066	CTT	2	6	26906	26911	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_017066	TTTAT	2	10	26942	26951	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_017066	AT	3	6	26954	26959	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_017066	TTTA	2	8	26983	26990	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017066	T	8	8	27004	27011	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017066	AAACTA	2	12	27034	27045	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_017066	ATA	2	6	29321	29326	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_017066	TA	3	6	29325	29330	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_017066	AGTT	2	8	29331	29338	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
136	NC_017066	TAA	2	6	29366	29371	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017066	ATC	2	6	29415	29420	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_017066	TAA	2	6	29436	29441	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_017066	AGA	2	6	29462	29467	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017066	CTA	2	6	29495	29500	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
141	NC_017066	T	6	6	29528	29533	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017066	TCAT	2	8	29549	29556	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
143	NC_017066	CTT	2	6	29587	29592	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_017066	TGAT	2	8	29599	29606	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017066	T	6	6	29612	29617	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017066	TAT	2	6	29625	29630	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017066	A	7	7	29646	29652	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017066	TTA	2	6	29653	29658	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017066	TCA	2	6	35941	35946	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_017066	T	7	7	35970	35976	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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441	NC_017066	TA	3	6	83680	83685	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
442	NC_017066	TTA	2	6	83694	83699	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
443	NC_017066	AAT	2	6	83769	83774	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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445	NC_017066	TTA	3	9	83826	83834	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
446	NC_017066	TTTA	2	8	83836	83843	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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460	NC_017066	AAT	2	6	84311	84316	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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